Markmið útgerðar Fiskkaupa hf. er að stunda ábyrgar veiðar úr fiskistofnum á Íslandsmðum og stuðla að sem bestri sátt við lífríki hsins og umhverfið almennt.  Stjórnendurlegja áherslu á að útgerðarstarfsemi leitist við að hámarka nýtingu aflaheimilda félagsins.

Fiskkaup hf. á og rekur tvö stór beitningavélaskip og einn krókaflamarksbát sem sjá fiskvinnslunni fyrir hráefni og miðast rekstur útgerðarsviðs að þvi að sem stærstum hluta hráefnisins sé landað til eigin vinnslu, auk þess er leitast við að fá sem hæst verð fyrir allar aðrar fisktegundir hverju sinni með sölu aflans á fiskmörkuðum innanlands eða erlendis.  Aflaheimildir Fiskkaups hf. í aflamarkskerfinu eru um 1.600 þorskígildistonn og um 350 þorskígildistonn í krókaflamarkskerfinu.   Afli báta félagsins er áætlaður tæp 3.500 tonn á ársgrundvelli.   Kristrún RE-177 með rúmlega 1.400 tonn, Kristrún II RE-477 með rúmlega 1.600 tonn af bolfiski  og Bjössi RE-277 með rúmlega 500 tonn.